本報訊(記者 李爭粉)12月3日,中國農業科學院深圳農業基因組研究所(嶺南現代農業科學與技術廣東省實驗室深圳分中心)王桂榮課題組聯合崔鵬課題組以“果蔬殺手”橘小實蠅為研究對象,成功構建了迄今為止在小個體高雜合害蟲中最完整的基因組圖譜。
該研究不僅填補了橘小實蠅現有參考基因組中缺失的片段,證明了小個體昆蟲能夠邁入T2T基因組時代,為發現基于害蟲功能基因組學手段的防控分子靶標提供了新思路。相關研究成果發表在《自然通訊(Nature Communications)》上。
橘小實蠅,因其食性雜、寄主廣、繁殖力強,被稱為果蔬界的“頭號殺手”。基因組圖譜是解析橘小實蠅生理特性,開發針對性綠色防控技術的基礎。現有橘小實蠅參考基因組大多基于混合個體組裝,尤其是在中心粒、性染色體這些區域有較多的“空白”。

研究團隊綜合利用多種三代測序技術,以單個體雄蟲的測序數據作為基本骨架,整合群體數據,成功組裝出了大小近600Mb的基因組。與其他橘小實蠅基因組參考版本相比,新的基因組版本首次實現了從端粒到端粒的無缺口完整覆蓋,填補了以往基因組中高度重復的復雜區域留下的空白。研究在此基礎上進一步解析了中心粒,性染色體等高重復結構區域,挖掘出了Y染色體特異性基因和氣味受體等潛在的綠色防控技術靶標,為害蟲綠色防控技術的研發與優化提供了高質量參考基因組資源。
該研究得到深圳市科技計劃資助,深圳市大鵬新區科技創新和產業發展專項資金資助項目,國家重點研發項目,中國農業科學院科技創新工程,國際原子能機構協調研究等項目支持。

圖片來源:中國農業科學院深圳農業基因組研究所
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